尿结石形成的原因很复杂，可以说直到现在专家们还没有找到一种解释能单一说明尿结石发生的原因。而且临床上能真正找到肯定病因的也只占极少数。但下面三个方面可能是尿结石形成的重要原因：
⑴. 尿中含有超饱和的能形成结石的成分。如过高的钙、草酸、、胱氨酸等。
⑵. 尿中能抑制结石形成的成分减少或活性降低。如氨基葡萄糖、酸性多肽、核糖核酸等大分子抑制物能通过提高晶体表面的某种成分的电位而抑制结晶的聚集；其他如镁、高磷酸盐、枸椽酸盐及某些肽类物质的数量减少或抑制活性降低时容易形成结石；
⑶. 能促进结石形成的物质的活性增高。这里说的主要是尿中的粘蛋白增高，特别是尿中的THM粘蛋白，它在非聚合状态时是成石物质结晶与聚集的弱抑制物（即抑制能成石物质的结晶与聚集过程）。但当肾脏因尿路感染、梗阻返流或炎症等原因受到损伤时，尿中THM粘蛋白的排出量增加，加之尿中的酸碱度下降，容易使THM聚合。也就是说，THM粘蛋白在聚合状态时由抑制物变成了形成结石物质结晶与聚集的强促进物，而且其促进作用远超过尿中所有抑制物的抑制作用的总和。此时，THM粘蛋白就成为结石形成的基质，所产生的粘附力使结晶在它的上面迅速聚集长大，而且使结晶粘附在尿路上的表面，不容易被尿液冲走而形成结石。
下面是几种容易诱发尿结石的重要因素：
⑴. 环境因素：气候炎热，或高温环境工作，因多汗尿少，致使尿中的成石物质的超饱和度增高，因此患尿结石的人增多；钙性尿结石可能与当地的土壤及水中的镁、锶、铜等抑制结石形成的物质含量过少，进食及饮用过多的低镁、锶、铜食物和水，也容易患难与共尿结石；
⑵. 饮食因素：成人上尿路结石与营养条件明显相关。如营养条件好，特别是动物蛋白质及精制糖进食量高，以及纤维素进食量少的人群钙性尿结石的患难与共病率高；小儿膀胱结石与营养不良，特别是缺乏乳、蛋白和脂肪有关；饮水量过少以致尿量过少的人较容易发生尿结石；过量摄入维生素C、D则容易形成钙性尿结石。
⑶. 新陈代谢紊乱：全身新陈代谢紊乱可导致某种成石物质由尿中排出过多，从而形成相应的结石，例如：
患痛风以及高尿酸血、高尿酸尿以及持久性酸性尿的人，容易患难与共尿酸石；
由于基因缺陷所致氨基酸代谢失常，尿中排出过多的色氨酸、精氨酸、鸟氨酸和胱氨酸。而胱氨酸在尿中的溶解度最低，所以容易形成结石。胱氨酸结石的发生有一定的家族性，且常从儿童时期就出现；...